Merge pull request #2303 from oesteban/ref/interface-base

[MAINT] Reorganize nipype.interfaces.base

Author: oesteban

nipype/algorithms/tests/test_auto_ACompCor.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_ACompCor_inputs():
     header_prefix=dict(),
     high_pass_cutoff=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     ignore_initial_volumes=dict(usedefault=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_AddCSVRow.py

@@ -6,7 +6,8 @@
 def test_AddCSVRow_inputs():
     input_map = dict(_outputs=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_ArtifactDetect.py

@@ -8,7 +8,8 @@ def test_ArtifactDetect_inputs():
     ),
     global_threshold=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     intersect_mask=dict(),

nipype/algorithms/tests/test_auto_CalculateMedian.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_CalculateMedian_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_files=dict(),

nipype/algorithms/tests/test_auto_ComputeDVARS.py

@@ -10,7 +10,8 @@ def test_ComputeDVARS_inputs():
     ),
     figsize=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_ComputeMeshWarp.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_ComputeMeshWarp_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     metric=dict(usedefault=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_CreateNifti.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_CreateNifti_inputs():
     ),
     header_file=dict(mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     )

nipype/algorithms/tests/test_auto_Distance.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_Distance_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     mask_volume=dict(),

nipype/algorithms/tests/test_auto_FramewiseDisplacement.py

@@ -8,7 +8,8 @@ def test_FramewiseDisplacement_inputs():
     ),
     figsize=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_FuzzyOverlap.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_FuzzyOverlap_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_ref=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_Gunzip.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_Gunzip_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_ICC.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_ICC_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     mask=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_MeshWarpMaths.py

@@ -5,7 +5,8 @@
 
 def test_MeshWarpMaths_inputs():
     input_map = dict(float_trait=dict(),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_surf=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_ModifyAffine.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_ModifyAffine_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     transformation_matrix=dict(usedefault=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_NonSteadyStateDetector.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_NonSteadyStateDetector_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_P2PDistance.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_P2PDistance_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     metric=dict(usedefault=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_PickAtlas.py

@@ -10,7 +10,8 @@ def test_PickAtlas_inputs():
     ),
     hemi=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     labels=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_Similarity.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_Similarity_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     mask1=dict(),

nipype/algorithms/tests/test_auto_SimpleThreshold.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_SimpleThreshold_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     threshold=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_SpecifyModel.py

@@ -12,7 +12,8 @@ def test_SpecifyModel_inputs():
     ),
     high_pass_filter_cutoff=dict(mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     input_units=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_SpecifySPMModel.py

@@ -14,7 +14,8 @@ def test_SpecifySPMModel_inputs():
     ),
     high_pass_filter_cutoff=dict(mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     input_units=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_SpecifySparseModel.py

@@ -12,7 +12,8 @@ def test_SpecifySparseModel_inputs():
     ),
     high_pass_filter_cutoff=dict(mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     input_units=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_StimulusCorrelation.py

@@ -6,7 +6,8 @@
 def test_StimulusCorrelation_inputs():
     input_map = dict(concatenated_design=dict(mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     intensity_values=dict(mandatory=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_TCompCor.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_TCompCor_inputs():
     header_prefix=dict(),
     high_pass_cutoff=dict(usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     ignore_initial_volumes=dict(usedefault=True,

nipype/algorithms/tests/test_auto_TVTKBaseInterface.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_TVTKBaseInterface_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     )

nipype/algorithms/tests/test_auto_WarpPoints.py

@@ -4,7 +4,8 @@
 
 
 def test_WarpPoints_inputs():
-    input_map = dict(ignore_exception=dict(nohash=True,
+    input_map = dict(ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     interp=dict(mandatory=True,

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_ABoverlap.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_ABoverlap_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file_a=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AFNICommand.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_AFNICommand_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     num_threads=dict(nohash=True,

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AFNICommandBase.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_AFNICommandBase_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     terminal_output=dict(deprecated='1.0.0',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AFNIPythonCommand.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_AFNIPythonCommand_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     num_threads=dict(nohash=True,

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AFNItoNIFTI.py

@@ -11,7 +11,8 @@ def test_AFNItoNIFTI_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AlignEpiAnatPy.py

@@ -22,7 +22,8 @@ def test_AlignEpiAnatPy_inputs():
     ),
     epi_strip=dict(argstr='-epi_strip %s',
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='-epi %s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Allineate.py

@@ -33,7 +33,8 @@ def test_Allineate_inputs():
     ),
     fine_blur=dict(argstr='-fineblur %f',
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='-source %s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AutoTLRC.py

@@ -12,7 +12,8 @@ def test_AutoTLRC_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='-input %s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_AutoTcorrelate.py

@@ -11,7 +11,8 @@ def test_AutoTcorrelate_inputs():
     ),
     eta2=dict(argstr='-eta2',
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Autobox.py

@@ -9,7 +9,8 @@ def test_Autobox_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='-input %s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Automask.py

@@ -19,7 +19,8 @@ def test_Automask_inputs():
     ),
     erode=dict(argstr='-erode %s',
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Axialize.py

@@ -15,7 +15,8 @@ def test_Axialize_inputs():
     environ=dict(nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_Bandpass.py

@@ -19,7 +19,8 @@ def test_Bandpass_inputs():
     mandatory=True,
     position=-3,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='%s',

nipype/interfaces/afni/tests/test_auto_BlurInMask.py

@@ -16,7 +16,8 @@ def test_BlurInMask_inputs():
     fwhm=dict(argstr='-FWHM %f',
     mandatory=True,
     ),
-    ignore_exception=dict(nohash=True,
+    ignore_exception=dict(deprecated='1.0.0',
+    nohash=True,
     usedefault=True,
     ),
     in_file=dict(argstr='-input %s',